Вы вступаете в деревни в которых состоит ваш персонаж.Тоже самое и с кланами.Например ваш персонаж Неджи,значит вы вступаете в Коноху и клан Хьюга.
За придуманных персонажей можно вступать в какую деревню вам захочется.Но если вы уйдёте из одной деревни,вам становиться закрытый доступ ко всем деревням.Вы становитесь врагом общества.Против вас все деревни но вы сможете создать либо свою организацию или вступить в Акацуки.